定量
熒光-PCR法是在PCR定性技術(shù)基礎(chǔ)上發(fā)展起來的定量技術(shù)。實時熒光定量PCR技術(shù)(FQ-PCR)是一種在PCR反應(yīng)體系中加入熒光基團,利用熒光信號積累實時監(jiān)測整個PCR進程,最后通過標(biāo)準(zhǔn)曲線對未知模板進行定量分析的方法,實現(xiàn)了PCR從定性到定量的飛躍。
簡單的說,就是在PCR體系中加入熒光,以便對反應(yīng)體系和反應(yīng)進程進行監(jiān)測、記錄、分析。而熒光PCR儀是在普通PCR的基礎(chǔ)上加上個熒光探頭和相應(yīng)的數(shù)據(jù)處理軟件。
說道引物的一個重要參數(shù)是熔解溫度(Tm),這是當(dāng)50%的引物和互補序列表現(xiàn)為雙鏈DNA分子時的溫度。Tm對于設(shè)定PCR退火溫度是必需的。在理想狀態(tài)下,退火溫度足夠低,以保證引物同目的序列有效退火,同時還要足夠高,以減少非特異性結(jié)合。合理的退火溫度從55-70℃。退火溫度一般設(shè)定比引物的Tm低5℃。
設(shè)定Tm有幾種公式。確定引物Tm最可信的方法是近鄰分析法。大部分計算機程序使用近鄰分析法。從序列一級結(jié)構(gòu)和相鄰堿基的特性預(yù)測引物的雜交穩(wěn)定性。所有軟件會自動計算引物的Tm值,在設(shè)置退火溫度時可如下進行:
以低于估算的Tm5℃作為起始的退火溫度,以2℃為增量,逐步提高退火溫度。較高的退火溫度會減少引物二聚體和非特異性產(chǎn)物的形成。為獲得理想結(jié)果,兩個引物應(yīng)具有近似的Tm值。引物對的Tm差異如果超過5℃,就會由于在循環(huán)中使用較低的退火溫度而表現(xiàn)出明顯的錯誤起始。如果兩個引物Tm不同,將退火溫度設(shè)定為比低的Tm低5℃?;蛘邽榱颂岣咛禺愋?,可以在根據(jù)較高Tm設(shè)計的退火溫度先進行5個循環(huán),然后再根據(jù)較低Tm設(shè)計的退火溫度進行剩余的循環(huán)。這使得在較為嚴(yán)謹(jǐn)?shù)臈l件下可以獲得目的模板的部分拷貝。